chromosome walking

«прогулка по хромосоме»

Метод выделения и анализа нуклеотидных последовательностей (новых генов), фланкирующих известные гены, для которых имеются олигонуклеотидные зонды; после выделения гена с фланкирующими его последовательностями эти последние используются в качестве зондов для выделения новых, прилегающих к ним последовательностей и т.д.; в результате "П.п.х." с помощью перекрывающихся последовательностей нуклеотидов исследуются неизвестные протяженные участки генома, прилегающие друг к другу; одним из вариантов метода "П.п.х." является метод «прыжков по хромосоме» chromosome jumping.

* * *

Прогулка по хромосоме — метод (техника) выделения для секвенирования клонов из геномной библиотеки, содержащей фрагменты рестрикции с перекрывающимися последовательностями. С помощью этого метода можно изолировать ген (обычно последовательность) с неизвестной функцией, для которого нет зонда, но он локализован близко к ранее идентифицированному и клонированному гену. Такой ген используется в качестве зонда для скрининга геномной библиотеки. В результате гибридизации выделяются перекрывающиеся клоны, содержащие известные соседние последовательности. Затем эти клоны применяются для изоляции др. клонов с прилежащими к ним последовательностями, а выделенные клоны — в качестве зондов для идентификации новых перекрывающихся последовательностей. Многократное повторение этих приемов (прогулки по хромосоме) позволяет в конечном счете изолировать клон, содержащий искомую последовательность (ген). Одним из вариантов указанного метода является метод «прыжков по хромосоме» (см. Прыжки по хромосоме).